第一篇:小鼠基因組DNA抽提原理、儀器試劑和操作步驟
小鼠基因組DNA抽提原理、儀器試劑和操作步驟
一、原理與意義
先用細(xì)胞裂解液對(duì)已制備好的組織勻漿充分裂解,然后用蛋白酶去除其中的蛋白,再用氯仿一次抽提(無(wú)需用酚抽提)、預(yù)備液沉淀、RNase去除 RNA、乙醇再沉淀即可得到完整DNA。該方法適用于從人或動(dòng)物的各種組織、血液、培養(yǎng)細(xì)胞、G+/G-細(xì)菌中快速抽提基因組DNA。抽提出來(lái)的DNA能用于幾乎所有的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn),如DNA梯度分析、PCR、限制性內(nèi)切酶反應(yīng)、克隆、Southern Blot分析等。
二、試劑及其配制
抽提試劑盒購(gòu)于上海生工公司,內(nèi)含以下試劑:
1、TE緩沖液:PH8.0,由10 mM Tris HCl和1 mM EDTA配成。
2、RNase A(3 mg):使用前加入300 ul無(wú)菌雙蒸水,煮沸10 min后使其自然冷卻后使用,-20 ℃凍存。
3、Proteinase K(12 mg):使用前加入600 ul無(wú)菌水,分裝成小份,-20 ℃凍存。
4、Cell Lysis Solution與Precipitation Solution:溶液出現(xiàn)絮狀沉淀50 ℃加熱溶解后使用。5、1.2 mol/L NaCl。冰冷乙醇和氯仿自備。
三、實(shí)驗(yàn)器材
水浴鍋、普通冰箱、1.5/2 ml離心管、移液器及槍頭、紫外分光計(jì)、離心管架、剪刀、鑷子、濾紙等。
四、操作步驟
1、組織勻漿制備:取30 mg左右新鮮組織,加600 ul TE緩沖液,手工勻漿數(shù)次。
2、細(xì)胞裂解:吸取300 ul勻漿加600 ul Cell Lysis Solution,混勻。
3、消化蛋白:再加入9 ul Proteinase K(可適當(dāng)增加)混勻,置于55 ℃水浴30 min以上(可達(dá)2.5 h),其間上下混勻幾次。
4、氯仿抽提:加入600 ul氯仿(用戶自備),輕柔上下混勻,不能太劇烈,以保證DNA的完整性。
5、沉淀:在臺(tái)式離心機(jī)上,10000轉(zhuǎn)/分,室溫離心2 min。此時(shí)應(yīng)分成三層,基因組DNA在上層中,如未能分層,表明樣品與氯仿未混勻(可通過(guò)延長(zhǎng)離心時(shí)間或增加離心速度獲得上清)。取500 ul上清液,置于無(wú)菌1.5 ml離心管中,加入500 ul Precipitation Solution,混勻多次至出現(xiàn)絮狀物,室溫靜置2 min。10000轉(zhuǎn)/分,離心2 min。
6、去除RNA:棄除上清,注意不要倒掉沉淀,立即加入100 ul 1.2 mol/L NaCl,輕輕振蕩直至DNA樣品完全溶解,加入3 ul RNase A,置于37 ℃ 10 min,以去除RNA。
7、沉淀DNA:加入300 ul冰冷乙醇(終濃度為75%,沉淀效果最佳),-20 ℃放置10 min。10,000轉(zhuǎn)/分,離心2 min。倒掉乙醇,倒置室溫干燥10~15 min。若DNA量多,可再重復(fù)沉淀一次。DNA用TE緩沖液或100 ul三蒸水溶解。
五、注意事項(xiàng)
1、應(yīng)避免多次凍融樣品,因?yàn)槊看蝺鋈诙即蟠蠼档屯暾鸇NA的產(chǎn)率。
2、加氯仿充分混勻,若離心后上清不到500 ul,可適當(dāng)延長(zhǎng)離心時(shí)間或增加離心速度。
3、吸取DNA上清時(shí),可用剪刀稍剪槍頭尖部,以防止虹吸現(xiàn)象。
4、操作步驟中許多數(shù)值可進(jìn)行成比例改變,如上清與預(yù)備液按1:1,氯化鈉與無(wú)水乙醇按1:3等。
5、轉(zhuǎn)錄活性很高的組織或細(xì)菌中通常含有大量的RNA,他們可能與DNA一起被分離出來(lái)。RNA的存在并不影響PCR反應(yīng)。如果需要制備RNA-free的基因組DNA。可在第6步加入200 ul的RNase A,37 ℃保溫10 min即可。
6、用分光光度計(jì)測(cè)量DNA含量按1 OD260=50 mg基因組DNA;進(jìn)行0.7%瓊脂糖凝膠電泳判定DNA的完整性,也可以判定樣品中是否有RNA。本試劑盒可抽提長(zhǎng)抵達(dá)50kb以上的DNA。一般在 DNA樣品,OD260/OD280比值大于1.8,可能存在RNA;OD260/OD280比值小于1.6,可能存在蛋白質(zhì)或酚。但RNA樣品中 OD260/OD280比值小于2可能存在蛋白質(zhì)或酚,均需要進(jìn)一步純化。
7、通常50ul體系PCR反應(yīng)中用1~5 ul DNA。
第二篇:苯酚-氯仿法從小鼠尾巴中抽提基因組DNA
從小鼠尾巴中抽提基因組DNA
一、試劑與材料
⑴ 裂解液:50mM Tris(pH8.0)100mM EDTA 0.5% SDS ⑵ 蛋白酶K(Proteinase K)10mg/ml(溶解在pH8.0,50mM Tris和1mM CaCl2中,-20℃保存)。使用時(shí),終濃度達(dá)到100ug/ml
⑶ RNaseA RNaseA溶液配制
將RNaseA溶解在0.001mol/l醋酸鈉(pH5.2)中,使終濃度為10mg/ml,加熱到 100℃,15min。室溫下緩慢冷卻,用0.1體積的1M的Tris-Cl調(diào)整pH至7.4后,小管分裝保存在-20℃。使用時(shí),終濃度為100ug/ml.⑷ Tris平衡苯酚;
氯仿(三氯甲烷);
Tris平衡苯酚:氯仿=1:1(體積比)3M 醋酸鈉(pH5.2);
無(wú)水乙醇; 70%乙醇;
無(wú)菌ddH2O.⑸ 手術(shù)剪,1.5mlEP管.二、方法
⑴ 剪取0.5cm小鼠尾巴(約20-30mg),立即放入細(xì)胞凍存管并投入液氮中(防止基因組DNA降解)。
⑵ 從液氮中取出鼠尾,剪碎,放入1.5mlEP管中,加入350ul裂解液、20ul蛋白酶K和0.9ul RNaseA,混勻。
⑶ 在熱孵育器中,55℃過(guò)夜。(剛開(kāi)始可每隔30min搖晃一次)
后續(xù)操作可在冰上進(jìn)行---⑷ 取出EP管,加入等體積Tris平衡苯酚,用力搖晃3min;12000g,離心10分鐘。
⑸ 輕輕吸取上清至一新的1.5mlEP管中(寧可少吸,也不要吸到下層的苯酚或沉淀物)。
⑹ 向上清中加入等體積苯酚/氯仿,用力搖晃2分鐘;12000g,離心2分鐘。⑺ 吸取上清至另一新的1.5mlEP管中,加入1/10體積的醋酸鈉溶液和2.5倍體積的無(wú)水乙醇,搖勻。
⑻ 12000g,離心1分鐘,盡可能吸除上層乙醇。
⑼ 加入1ml,70%乙醇漂洗DNA,用力搖勻。(此步為了去除殘留的SDS和苯酚)
⑽ 12000g,離心1分鐘,去除乙醇,再重復(fù)⑼、⑽一次(為了盡可能把DNA清洗干凈)。
⑾ 將EP管倒置在吸水紙上,以吸干乙醇。
⑿ 用65℃預(yù)熱的無(wú)菌ddH2O,35ul溶解DNA,-20℃保存。⒀ 分光光度計(jì)檢測(cè)純度、濃度。
DNA提取的注意事項(xiàng)
1、裂解液要預(yù)熱,以抑制DNase,加速蛋白變性,促進(jìn)DNA溶解。
2、酚一定要堿平衡。苯酚具有高度腐蝕性,飛濺到皮膚、粘膜和眼睛會(huì)造成損傷,因此應(yīng)注意防護(hù)。氯仿易燃、易爆、易揮發(fā),具有神經(jīng)毒作用,操作時(shí)應(yīng)注意防護(hù)。
3、各操作步驟要輕柔,盡量減少DNA的人為降解。
4、取各上清時(shí),不應(yīng)貪多,以防非核酸類成分干擾。
5、異丙醇,乙醇.NaAc,KAc等要預(yù)冷,以減少DNA的降解,促進(jìn)DNA與蛋白等的分相及DNA沉淀。
6、提取DNA過(guò)程中所用到的試劑和器材要通過(guò)高壓烤干等辦法進(jìn)行無(wú)核酸酶化處理。
7、所有試劑均用高壓滅菌雙蒸水配制。
8、用大口滴管或吸頭操作,以盡量減少打斷DNA的可能性。
9、要用新鮮樣品或液氮冷凍-70度保存的樣品。這樣通過(guò)降低內(nèi)切酶的活性DNA的降解。
10、避免劇烈吸打DNA,不能攪動(dòng)基因組DNA。
11、吸取基因組DNA時(shí),要用專用的粗口吸頭,普通吸頭可能會(huì)切斷DNA或造成DNA缺口。
12、基因組應(yīng)4度保存,如-20度保存可能導(dǎo)致DNA斷裂。
13、在準(zhǔn)備實(shí)驗(yàn)的過(guò)程中,應(yīng)將DNA樣品放在碎冰上。
14、用Tris緩沖液溶解DNA。
15、加緩沖液后,為了加速DNA溶解,可以輕輕晃動(dòng)或輕彈試管。
16、加入緩沖液后,置于4度過(guò)夜,也可以溶解DNA
17、將DNA溶液65度溫育10分鐘,可以滅活DNase。
18、在抽提過(guò)程中如果水相和有機(jī)層的界面不太清楚,說(shuō)明其中蛋白質(zhì)含量較高,可增加酚/氯仿抽提的次數(shù)或適當(dāng)延長(zhǎng)離心的時(shí)間。
19、酚抽提時(shí)如果上清液太粘稠,無(wú)法進(jìn)行水相轉(zhuǎn)移時(shí),可加入適量TES稀釋后再抽提。
基因組DNA提取方法
制備基因組DNA是進(jìn)行基因結(jié)構(gòu)和功能研究的重要步驟,通常要求得到的片段的長(zhǎng)度不小于100-200kb。在DNA提取過(guò)程中應(yīng)盡量避免使DNA斷裂和降解的各種因素,以保證DNA的完整性,為后續(xù)的實(shí)驗(yàn)打下基礎(chǔ)。主要是CTAB方法,其他的方法還有1物理方式:玻璃珠法,超聲波法,研磨法,凍融法。2化學(xué)方式:異硫氰酸胍法,堿裂解法3生物方式:酶法。根據(jù)核酸分離純化方式的不同有:硅質(zhì)材料、陰離子交換樹脂等
試驗(yàn)步驟:
1、貼壁細(xì)胞用胰酶消化,離心收集。
2、細(xì)胞重懸于冰冷的PBS漂洗一次,離心收集。試驗(yàn)步驟2再重新作一邊。
3、加入5mlDNA提取緩沖液,(10mmol/LTris-cl,0.1mol/LEDTA,o.5%SDS),混勻。
4、加入25ul蛋白酶K,使終濃度達(dá)到100ug/ml,混勻,50℃水浴3h,5、用等體積的酚抽提一次,2500rpm離心收集水相,用等體積的(酚,氯仿,異戊醇)混合物抽提一次,2500r/min離心收集水相
6、用等體積的氯仿,異戊醇抽提一次。加入等體積的5mol/L的LiCL,混勻,冰浴,10min.。7、2500rpm離心10min.轉(zhuǎn)上清于一離心管中。加入等體積的異丙醇。室溫10min。2500rpm,離心10min。棄上清。
8、加入0.1倍體積3mol/L乙酸鈉(PH5.2)與2倍體積-20℃預(yù)冷無(wú)水乙醇。-20℃20min。9、12000r/min,室溫離心5min。棄上清。將DNA溶于適量TE中。
外周血DNA提取技術(shù)
分離外周血白細(xì)胞提取方法: 試驗(yàn)步驟:
1、取人肘靜脈血5ml,EDTA抗凝,2500rpm離心10min。
2、小心吸取上層血漿,分裝到3個(gè)0.5ml離心管中。
3、在血細(xì)胞中加入3倍體積的溶血液,搖勻,冰浴15min。4、2500rpm離心10min,棄上清。
5、加入10ml溶血液,搖勻,冰浴15min。6、3000rpm離心10min,棄上清。
7、倒置離心管,去掉殘液。
8、得白細(xì)胞,-80?C凍存。試驗(yàn)要求: 血至分離白細(xì)胞之間隔時(shí)間在室溫下放置不超過(guò)2h,4℃放置不超過(guò)5h,以防白細(xì)胞自溶。
氯仿法抽提外周血白細(xì)胞基因組DNA: 試驗(yàn)試劑: Ligsisbuffer:
133mMNH4ClNHCl7.12g0.9mMNH4HCO3NH4HCO30.071g0.1mMEDTA0.5mMEDTA0.2ml;最后加滅菌去離子水至1000ml,高壓滅菌。
ACD抗凝劑:檸檬酸1.68g檸檬酸鈉4.62g葡萄糖5.15g;最后加滅菌去離子水至350ml,高壓滅菌。
提取緩沖液(Extractionbuffer):
10mMTrisCl(PH=8.0)1MTris.Cl(PH=8.0)1ml0.1mMEDTA(PH=8.0)0.5mMEDTA(PH=8.0)20ml0.5%SDS10%SDS0.5ml;最后加滅菌去離子水至100ml,高壓滅菌
試驗(yàn)步驟:
1、在500μl抗凝血中加入ligsisbuffer1000μl,充分顛混至清亮。以4000rpm,離心5min。棄上清液。
2、沉淀中加入ligsisbuffer1500μl,充分勻漿。以6000rpm,離心5min。
3、徹底棄去上清,加入extractionbuffer500μl(裂解細(xì)胞),混勻置于37℃,水溶1h。
4、加入8μl的蛋白酶K,顛混,37℃過(guò)夜(或55℃,3h,但是37℃效果要好些)。
5、每管加入450μl飽和酚(取溶液下層)緩慢搖晃10min,以5500rpm,離心15min。
6、取上清,每管加入250μl飽和酚和250μl氯仿-異戊醇,搖勻10min,以5500rpm,離心15min。
7、取上清,每管加入500μl氯仿-異戊醇,搖勻10min,以5500rpm,離心15min。
8、取上清,每管加50μl的3M的NaAC+,適量無(wú)水乙醇(預(yù)冷)至滿,搖勻放入-20℃保存2h以上。
9、以12000rpm,離心20min。去上清,加入70%乙醇500μl,以12000rpm,離心5min,去上清,50-60℃干燥。
10、加入50μl滅菌去離子水,轉(zhuǎn)彈,混勻。NaI提取法提取外周血白細(xì)胞基因組: 實(shí)驗(yàn)步驟:
1、取外周抗凝血(全血)100ul于eppendorf管中,12000rpm離心12min。
2、棄上清,加雙蒸水200ul溶解,搖勻20s。
3、混勻后加6MNaI溶液200ul,搖勻20s。
4、加入氯仿/異戊醇(24:1)400ul,邊加邊搖,搖勻20s,12000rpm離心12min。
5、取上層液350ul,加入另一新eppendorf管中,加0.6倍體積異丙醇,搖勻20s,室溫放置15min,靜置后的反應(yīng)體系15000rpm離心12min,使沉淀緊貼eppendorf管壁。
6、棄異丙醇,加70%乙醇1ml(不振動(dòng)),以15000rpm離心12min。
7、棄乙醇,敞開(kāi)eppendorf管蓋,烘干(37℃恒溫箱)后,加1xTE溶液30ul,溶解DNA>12h以上,制成的DNA液-20℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>
常用的外周血白細(xì)胞基因提取方法: 試驗(yàn)原理:
苯酚/氯仿提取DNA是利用酚是蛋白質(zhì)的變性劑,反復(fù)抽提,使蛋白質(zhì)變性,SDS(十二烷基磺酸鈉)將細(xì)胞膜裂解,在蛋白酶K、EDTA的存在下消化蛋白質(zhì)或多肽或小肽分子,核蛋白變性降解,使DNA從核蛋白中游離出來(lái)。DNA易溶于水,不溶于有機(jī)溶劑。蛋白質(zhì)分子表面帶有親水基團(tuán),也容易進(jìn)行水合作用,并在表面形成一層水化層,使蛋白質(zhì)分子能順利地進(jìn)入到水溶液中形成穩(wěn)定的膠體溶液。當(dāng)有機(jī)溶液存在時(shí),蛋白質(zhì)的這種膠體穩(wěn)定性遭到破壞,變性沉淀。離心后有機(jī)溶劑在試管底層(有機(jī)相),DNA存在于上層水相中,蛋白質(zhì)則沉淀于兩相之間。酚-氯仿抽提的作用是除去未消化的蛋白質(zhì)。氯仿的作用是有助于水相與有機(jī)相分離和除去DNA溶液中的酚。抽提后的DNA溶液用2倍體積的無(wú)水乙醇在1/103mol/LNaCl存在下沉淀DNA,回收DNA用70%乙醇洗去DNA沉淀中的鹽,真空干燥,用TE緩沖液溶解DNA備用。
試驗(yàn)步驟:
1、將1mlEDTA抗凝貯凍血液于室溫解凍后移入5ml離心管中,加入1ml磷酸緩沖鹽溶液(PBS),混勻,3500rpm離心15min,傾去含裂解紅細(xì)胞的上清。重復(fù)一次。用0.7mlDNA提取液混懸白細(xì)胞沉淀,37℃水浴溫育1h。
2、將上述DNA提取液混懸白細(xì)胞,37℃水浴溫育1h后,加入1mg/ml蛋白酶K0.2ml,至終濃度為100-200ug/ml,上下轉(zhuǎn)動(dòng)混勻,液體變粘稠。50℃水浴保溫3h,裂解細(xì)胞,消化蛋白。保溫過(guò)程中,應(yīng)不時(shí)上下轉(zhuǎn)動(dòng)幾次,混勻反應(yīng)液。
3、反應(yīng)液冷卻至室溫后,加入等體積的飽和酚溶液,溫和地上下轉(zhuǎn)動(dòng)離心管5-10min,直至水相與酚相混勻成乳狀液。5000rpm離心15min,用大口吸管小心吸取上層粘稠水相,移至另一離心管中。重復(fù)酚抽提一次。加等體積的氯仿﹕異戊醇(24﹕1),上下轉(zhuǎn)動(dòng)混勻,5000rpm離心15min,用大口吸管小心吸取上層粘稠水相,移至另一離心管中。重復(fù)一次。
4、加入1/5體積的3mol/LNaAc及2倍體積的預(yù)冷的無(wú)水乙醇,室溫下慢慢搖動(dòng)離心管,即有乳白色云絮狀DNA出現(xiàn)。用玻璃棒小心挑取云絮狀的DNA,轉(zhuǎn)入另一1.5ml離心管中,加70%乙醇0.2ml,以5000rpm離心5min。洗滌DNA,棄上清,去除殘留的鹽。重復(fù)一次。室溫?fù)]發(fā)殘留的乙醇,但不要讓DNA完全干燥。加TE液20ul溶解DNA,置于搖床平臺(tái)緩慢搖動(dòng),DNA完全溶解通常需12-24h。制成的DNA液-20℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>
真核細(xì)胞DNA的制備
一般真核細(xì)胞基因組DNA有107-9bp,可以從新鮮組織、培養(yǎng)細(xì)胞或低溫保存的組織細(xì)胞中提取,常是采用在EDTA以及SDS等試劑存在下用蛋白酶K消化細(xì)胞,隨后用酚抽提而實(shí)現(xiàn)的。這一方法獲得的DNA不僅經(jīng)酶切后可用于Southern分析,還可用于PCR的模板、文庫(kù)構(gòu)建等實(shí)驗(yàn)。
根據(jù)材料來(lái)源不同,采取不同的材料處理方法,而后的DNA提取方法大體類似,但都應(yīng)考慮以下兩個(gè)原則:
1、防止和抑制DNase對(duì)DNA的降解。
2、盡量減少對(duì)溶液中DNA的機(jī)械剪切破壞。試劑準(zhǔn)備:
1、TE:10mMTris-HCl(pH7.8);1mMEDTA(pH8.0)。
2、TBS:25mMTris-HCl(pH7.4);200mMNaCl;5mMKCl。
3、裂解緩沖液:250mMSDS;使用前加入蛋白酶K至100mg/ml。4、20%SDS 5、2mg/ml蛋白酶K
6、Tris飽和酚(pH8.0)、酚/氯仿(酚∶氯仿=1∶1)、氯仿
7、無(wú)水乙醇、75%乙醇 試驗(yàn)步驟: 材料處理:
1、新鮮或冰凍組織處理:
1)取組織塊0.3-0.5cm3,剪碎,加TE0.5ml,轉(zhuǎn)移到勻漿器中勻漿。2)將勻漿液轉(zhuǎn)移到1.5ml離心管中。
3)加20%SDS25ml,蛋白酶K(2mg/ml)25ml,混勻。4)60°C水浴1-3hr。
2、培養(yǎng)細(xì)胞處理:
1)將培養(yǎng)細(xì)胞懸浮后,用TBS洗滌一次。2)離心4000g×5min,去除上清液。3)加10倍體積的裂解緩沖液。4)50-55°C水浴1-2hr。DNA提?。?/p>
1、加等體積飽和酚至上述樣品處理液中,溫和、充分混勻3min。
2、離心5000g×10min,取上層水相到另一1.5ml離心管中。
3、加等體積飽和酚,混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中。
4、加等體積酚/氯仿,輕輕混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中。如水相仍不澄清,可重復(fù)此步驟數(shù)次。
5、加等體積氯仿,輕輕混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中。
6、加1/10體積的3M醋酸鈉(pH5.2)和2.5倍體積的無(wú)水乙醇,輕輕倒置混勻。
7、待絮狀物出現(xiàn)后,離心5000g×5min,棄上清液。
8、沉淀用75%乙醇洗滌,離心5000g×3min,棄上清液。
9、室溫下?lián)]發(fā)乙醇,待沉淀將近透明后加50-100mlTE溶解過(guò)夜。
植物組織中DNA的提取
試驗(yàn)原理:
脫氧核糖核酸(deoxribonucleicacid,DNA)是一切生物細(xì)胞的重要組成成分,主要存在于細(xì)胞核中,鹽溶法是提取DNA的常規(guī)技術(shù)之一。從細(xì)胞中分離得到的DNA是與蛋白質(zhì)結(jié)合的DNA,其中還含有大量RNA,即核糖核蛋白。如何有效地將這兩種核蛋白分開(kāi)是技術(shù)的關(guān)鍵。DNA不溶于0.14mol/L的NaCl溶液中,而RNA則能溶于0.14mol/L的NaCl溶液之中,利用這一性質(zhì)就可以將二者從破碎細(xì)胞漿液中分開(kāi)。制備過(guò)程中,細(xì)胞破碎的同時(shí)就有Dnase釋放到提取液中,使DNA因被降解而影響得率,在提取緩沖液中加入適量的檸檬酸鹽和EDTA,既可抑制酶的活性又可使蛋白質(zhì)變性而與核酸分離,再加入陰離子去垢劑0.15%的SDS,經(jīng)過(guò)2h攪拌,或用氯仿-異醇除去蛋白,通過(guò)離心使蛋白質(zhì)沉淀而除去,得到的是含有核酸的上清液。然后用95%的預(yù)冷乙醇即可把DNA從除去蛋白質(zhì)的提取液中沉淀出來(lái)。
植物DNA的SDS提取法: 試驗(yàn)試劑:
1、研磨緩沖液:稱取59.63gNaCl,13.25g檸檬酸三鈉,37.2gEDTA-Na分別溶解后合并為一,用0.2mol/L的NaOH調(diào)至pH7.0,并定容至1000ml。2、10×SSC溶液:稱取87.66gNaCl和44.12g檸檬酸三鈉,分別溶解,一起定容至1000ml。3、1×SSC溶液:用10×SSC溶液稀釋10倍。4、0.1×SSC溶液:用1×SSC溶液稀釋10倍。
5、Rnase溶液:用0.14mol/LNaCl溶液配制成25mg/ml的酶液,用1mol/LHCl,pH至5.0,使用前經(jīng)80℃水浴處理5min(以破壞可能存在的Dnase)。
6、氯仿-異戊醇:按24ml氯仿和1ml異戊醇混合。7、5mol/L高氯酸鈉溶液:稱取NaClO4.H2O70.23g,先加入少量蒸餾水溶解再容至100ml。
8、SDS(十二烷基硫酸鈉)化學(xué)試劑的重結(jié)晶:將SDS放入無(wú)水酒精中達(dá)到飽和為止,然后在70~80℃的水浴中溶解,趁熱過(guò)濾,冷卻之后即將濾液放入冰箱,待結(jié)晶出現(xiàn)再置室溫下涼干待用。9、1mol/LHCl。10、0.2mol/LNaOH。
11、二苯胺乙醛試劑:1.5g二苯胺溶于100ml冰醋酸中,添加1.5ml濃硫酸,裝入棕色瓶,貯存暗處,使用時(shí)加0.1ml乙醛液[濃乙醛:H2O=1:50(V/V)]。12、1.0mol/L高酸溶液(HClO4)。13、0.05mol/LNaOH。
14、DNA標(biāo)準(zhǔn)液:取標(biāo)準(zhǔn)DNA25mg溶于少量0.05mol.L-1NaOH中,再用0.05mol/LNaOH定容至25ml,后用移溶管吸取此液5ml至50ml容量瓶中,加5.0ml1mol/LHClO4,混合冷卻后用0.5mol/LHClO4定容至刻度,則得100μg/ml的標(biāo)準(zhǔn)溶液。
實(shí)驗(yàn)步驟:
1、稱取植物幼嫩組織10g剪碎置研缽中,加10ml預(yù)冷研磨緩沖液并加入0.1g左右的SDS,置冰浴上研磨成糊狀。
2、將勻漿無(wú)損轉(zhuǎn)入25ml刻度試管中加入等體積的氯仿-異戊醇混合液,加上塞子,劇烈振蕩30s,轉(zhuǎn)入離心管,靜置片刻以脫除組織蛋白質(zhì)。以4000rpm離心5min。
3、離心形成三層,小心地吸取上層清液至刻度試管中,棄去中間層的細(xì)胞碎片、變性蛋白質(zhì)及下層的氯仿。
4、將試管置72℃水浴中保溫3min(不超過(guò)4min),以滅活組織的DNA酶,然后迅速取出試管置冰水浴中冷卻到室溫,加5mol/L高氯酸鈉溶液[提取液:高氯酸鈉溶液=4:1(V/V)],使溶液中高氯酸鈉的最終濃度為1mol/L。
5、再次加入等體積氯仿-異戊醇混合液至大試管中,振蕩1min,靜置后在室溫下離心(4000rpm)5min,取上清液置小燒杯中。
6、用滴管吸95%的預(yù)冷乙醇,慢慢地加入燒杯中上清液的表面上,直至乙醇的體積為上清液的兩倍,用玻璃棒輕輕攪動(dòng)。此時(shí)核酸迅速以纖維狀沉淀纏繞在玻璃棒上。
7、然后加入0.5ml左右的10×SSC,使最終濃度為1×SSC。
8、重復(fù)第6步驟和第7步驟即得到DNA的粗制品。
9、加入已處理的Rnase溶液,使其最后的作用濃度為50~70μg/ml,并在37℃水浴中保溫30min,以除去RNA。
10、加入等體積的氯仿-異戊醇混合液,在三角瓶中振蕩1min,再除去殘留蛋白質(zhì)及所加Rnase蛋白,室溫下以4000rpm離心5min,收集上層水溶液。
11、再按6、7步驟處理即可得到純化的DNA液。植物DNA的CTAB提取法: 試驗(yàn)步驟:
1、稱取新鮮葉片2-3g,剪碎放入研缽中,在液氮中研磨成粉末。
2、將粉末轉(zhuǎn)移到加有7ml經(jīng)預(yù)熱的15×CTAB提取緩沖液15ml離心管中,迅速混勻后置于65℃水浴中,溫育30min。
3、取出離心管,冷卻至室溫,加入氯仿/異戊醇(24:1),充分混勻,室溫下2300轉(zhuǎn)離心20min。
4、將上清轉(zhuǎn)移至另一新的15ml離心管中,加入1/10體積10%的CTAB和等體積的氯仿/異戊醇。充分混勻,2300rpm離心20min。
5、轉(zhuǎn)移上清至另一新的15ml離心管中,加入等體積1%的CTAB沉淀緩沖液,輕輕搖晃至形成DNA絮狀沉淀。1000rpm離心10min,使DNA沉淀于管底。
6、加入1.5-2ml的1mol/LNaCl及5μlRNase置于56℃水浴中過(guò)夜。
7、待DNA完全溶解后,加2-3ml4℃預(yù)冷的95%的冰乙醇使DNA沉淀,挑出DNA,置于15ml離心管中,用70%乙醇清洗30min。
8、離心機(jī)甩5s,倒出70%乙醇,再用95%乙醇浸泡5min,倒出95%乙醇,在超凈工作臺(tái)上吹干。
9、將風(fēng)干的DNA直接在4℃保存?zhèn)溆没蛉苡?00μlTE溶液中于-20℃保存。
細(xì)菌DNA的提取方法
針對(duì)一些不易于提取的細(xì)菌的方法: 試驗(yàn)試劑:
抽提緩沖液:2%CTAB(W/V)2%PVPK25(w/v)(去色素)100mMTris-HCl(pH8.0)25mMEDTA(pH8.0)2.0MNaCl 10MLiCl 2MLiCl DEPC-water(抑制RNA酶活性)3MNaAc(pH5.2)96%乙醇 70%乙醇 試驗(yàn)步驟:
1、抽提緩沖液65℃預(yù)熱。
2、加菌體到已經(jīng)預(yù)熱的緩沖液(700ul)中混勻,65℃,10min。
3、加酚/氯仿/異戊醇(25:24:1),振蕩,以12,000rpm,離心10min。
4、取上清,加氯仿/異戊醇(24:1)振蕩,以12,000rpm,離心10min。
5、重復(fù)再作一次步驟4。
6、加入1/10體積的3M醋酸鈉和1.5倍體積的乙醇(或加入等體積的異丙醇),-20C下沉淀。
7、以2,000rpm,離心10min。
8、棄上清,以70%乙醇條洗沉淀,也可以再用100%乙醇洗,然后溶解于100ml水中。較為常用的細(xì)菌DNA提取方法: 實(shí)驗(yàn)步驟:
1、將菌株接種于液體LB培養(yǎng)基,37℃震蕩培養(yǎng)過(guò)夜。
2、取1.5ml培養(yǎng)物12000rpm離心2min。
3、沉淀中加入567ul的TE緩沖液,反復(fù)吹打使之重新懸浮,加入30ul10%SDS和15ul的蛋白酶K,混勻,于37℃溫育1h.4、加入100ul5mol/LNaCl,充分混勻,再加入80ulCTAB/NaCl溶液,混勻后再65℃溫育10min。
5、加入等體積的酚/氯仿/異戊醇混勻,離心4-5min,將上清轉(zhuǎn)入一只新管中,加入0.6-0.8倍體積的異丙醇,輕輕混合直到DNA沉淀下來(lái),沉淀可稍加離心。
6、沉淀用1ml的70%乙醇洗滌后,離心棄乙醇. 真菌DNA提取總結(jié)的兩種方法: 第一種方法: 試驗(yàn)步驟:
1、取真菌菌絲0.5g,在液氮中迅速研磨成粉。
2、加入4mL提取液,快速振蕩混勻。
3、加入等體積的4mL的氯仿:異戊醇(24:1),渦旋3~5min(此處是粗提沒(méi)有加酚)。
4、以4℃,1000rpm,離心5min。
5、上清再用等體積的氯仿:異戊醇(24:1)抽提一次。以4℃,10,000rpm,離心5min。
6、取上清,加入2/3倍體積的-20℃預(yù)冷的異丙醇或2.5倍體積的無(wú)水乙醇沉淀,混勻,靜置約30min。
7、用毛細(xì)玻棒挑出絮狀沉淀,用75%乙醇反復(fù)漂洗數(shù)次,再用無(wú)水乙醇漂洗1次,吹干,重懸于500ulTE中。
8、加入1ulRNaseA(10mg/mL),37℃下處理1h。
9、用酚(pH8.0):氯仿:異戊醇(25:24:1)和氯仿:異戊醇(24:1)各抽提1次。以4℃,10,000rpm,離心5min。
10、取上清,加入1/10倍體積的3MNaAc,2.5倍體積的無(wú)水乙醇,-70℃沉淀30min以上。
11、沉淀用75%乙醇漂洗,風(fēng)干,溶于200ulTE中,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
DNA提取液:0.2MTris-HCl(pH7.5),0.5MNaCl,0.01MEDTA,1%SDS,3MNaAc。第二種方法: 試驗(yàn)步驟:
1、真菌菌絲0.5-1g,在液氮中迅速研磨成粉。
2、加入3mL65℃預(yù)熱的DNA提取緩沖液,快速振蕩混勻65℃水浴30min,期間混勻2-3次。
3、加入1mL5MKAc,冰浴20min。
4、等體積的氯仿:異戊醇(24:1)抽提1次(10,000rpm,4℃離心5min)。
5、取上清,加入2/3倍體積的-20℃預(yù)冷異丙醇,混勻,靜置約30min。
6、用毛細(xì)玻棒挑出絮狀沉淀,用75%乙醇反復(fù)漂洗數(shù)次,再用無(wú)水乙醇漂洗1次,吹干,重懸于500ulTE中。
7、加入1ulRNaseA(10mg/mL),37℃處理1h。
8、用酚(pH8.0):氯仿:異戊醇(25:24:1)和氯仿:異戊醇(24:1)各抽提1次。以4℃,10,000rpm,離心5min。
9、取上清,1/10V3MNaAc,2.5V體積的無(wú)水乙醇,-70℃沉淀30min以上。
10、沉淀用75%乙醇漂洗,風(fēng)干,溶于200ulTE中,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
石蠟包埋DNA提取試驗(yàn)方法
試驗(yàn)原理:
從石蠟包埋組織中提取DNA的基本步驟,是在常規(guī)DNA提取方法的基礎(chǔ)上改良和演變而業(yè)。Goelz等(1985)最先提出的石蠟包埋組織DNA提取技術(shù),是用機(jī)械的方法破碎組織,切除多余的石蠟,進(jìn)入含SDS和高濃度蛋白酶K(1mg/ml)的提取緩沖液加溫孵育,然后進(jìn)行苯酚和氯仿抽提。所得DNA雖不完整,但可被限制性內(nèi)切酶切割,因而適于點(diǎn)雜交,印跡雜交等多種分了生物學(xué)實(shí)驗(yàn)。Dubeau等(1986)在上述方法上作了改進(jìn)。首先通過(guò)組織切片和二甲苯和脫蠟,保證了組織的完全破碎,使細(xì)胞與消化液充分接觸,使DNA釋放和蛋白去除更加完全;其次通過(guò)兩步消化的方法,將不適于做分子雜交的降解的DNA小段去除,僅保留那些可螺旋化的完整的DNA分子,從而提DNA質(zhì)量,適于做Sorthern印跡雜交分析。
試驗(yàn)試劑:
配方:3mol/lNacl,0.3M檸檬酸三鈉·2H2O,用HCL調(diào)PH值至7。0 石蠟消化液:150nmol/lNacL:15mmol/l檸檬酸鈉,1%SDS,PH7.0。試驗(yàn)步驟:
1、取蠟塊切片15-20張(8μm),置于eppendorf管中,加入1ml的二甲苯,37℃作用3h,以10000rpm,離心3min,傾去二甲苯。重復(fù)3-4次,觀察管壁是否光滑。如果仍有蠟質(zhì)殘存,需繼續(xù)脫蠟。
2、剃度酒精水化:加入100%乙醇1ml,室溫下放置30min,以10000rpm離心3min,去上清;再依次分別加入95%;75%;50%的乙醇重復(fù)上面的步驟。
3、消化:以1×SSC500μL加入SSC洗滌沉淀,以12000rpm離心3min。棄去上清夜,干燥沉淀。加入石蠟消化液400μL,PK(20mg/ml)20μl;55℃消化120h,第四天,補(bǔ)加PK10μl。
4、消化后的液體很清亮,肉眼可見(jiàn)的組織較少。將其轉(zhuǎn)入98℃的水浴箱中,煮沸10min,以滅活PK,取出后置于冰上,使其迅速冷卻。以10000rpm,離心5min。
5、取上清加等量的酚-氯仿,輕顛倒混勻呈乳白色。低溫下以14000rpm,離心10min。小心取上清,再加入等量的酚-氯仿重復(fù)上面的步驟。
6、取上清加入預(yù)冷的兩倍體積的無(wú)水乙醇及1/10的乙酸鈉(PH5.2),顛倒混勻。置于-20℃,30min。低溫下以14000rpm,離心10min,去上清。
7、沉淀用1ml的70%乙醇洗滌2次,(顛倒eppendorf管數(shù)次)以14000rpm,離心5min,自然干燥沉淀。
8、加TE20μl,(含RNA酶),4℃下過(guò)夜。注意事項(xiàng):
1、取材時(shí)應(yīng)避免出血壞死的組織,盡可能選用新鮮的標(biāo)本。
2、消化時(shí)應(yīng)不時(shí)震搖離心管,使酶與組織充分接觸。
3、福爾馬林固定和石蠟包埋使組織變得堅(jiān)韌,勻漿的效果往往不理想,可將組織切成10um的薄片進(jìn)行消化。
4、消化不完全,可采用高濃度蛋白酶K及延長(zhǎng)消化時(shí)間。附:elz氏DNA提取方法的主要步驟:
提取液的制備:500mmol/LTris20mmol/LEDTA10mmol/LNaCl1%SDS 500μg/ml蛋白酶KpH8.0
1、切除多余石錯(cuò),暴露組織。將組織切碎(最大徑<0.5mm),稱重。
2、溶于TE9提取液(組織<50mg/5ml.50-500mg/10ml),高速混懸2-3min,于48℃放置24h。
3、再次混懸組織,加入蛋白酶K至終濃度1mg/ml,SDS至2%,孵育40h。
4、用等體積酚-氯仿溶液抽提3次。2.5倍體積乙醇沉淀DNA。-70℃放置2-4h。9000rpm離心1h。
5、沉淀物用70%乙醇洗1次,干燥,TE(pH7.2)溶解。
DNA提取其他方法
適用于PCR研究的快速提取法: 試驗(yàn)步驟:
1、田間剪取植株新鮮葉片5-10mg(約2cm長(zhǎng))左右,新鮮葉片放于15ml離心管中,存于冰盒中,根據(jù)樣品號(hào)貼上相應(yīng)的標(biāo)簽。
2、用剪刀將葉片組織剪細(xì)(約0.5cm長(zhǎng))放在點(diǎn)穴式研板中。加入400μlDNA提取緩沖液,用玻棒將葉組織研細(xì),直到液體變成深綠色即可。
3、加400μlDNA提取緩沖液,混合均勻,轉(zhuǎn)入一新的15ml離心管(貼上相應(yīng)的編號(hào))。
4、加400μl氯仿,混合均勻后,2400轉(zhuǎn)離心30s,將上清液轉(zhuǎn)入一支新的15ml離心管(貼上相應(yīng)的編號(hào))。
5、加800μl無(wú)水乙醇,混勻,2400轉(zhuǎn)離心3min。棄上清。70%乙醇沖洗,風(fēng)干。用50μlTE緩沖液溶解,存于-20℃。取1μl用于PCR分析。
Chelex-100法提取DNA: 試驗(yàn)原理:
Chelex-100是一種化學(xué)螯合樹脂,由苯乙烯、二乙烯共聚體組成。含有成對(duì)的亞氨基二乙酸鹽離子,對(duì)高價(jià)金屬離子有很高的親合力和螯合作用。在低離子強(qiáng)度、堿性及煮沸條件下,可以使細(xì)胞膜破裂,并使蛋白質(zhì)變性,DNA游離。Chelex-100特別適用于微量生物樣本的處理,方法簡(jiǎn)便快速,提取過(guò)程始終在同一管中進(jìn)行,不用轉(zhuǎn)移,可減少DNA的損失,操作步驟簡(jiǎn)化,減少了污染的機(jī)會(huì)。
以血液為例實(shí)驗(yàn)步驟:
1、取血液1-3?l,置1.5ml離心管中,加滅菌雙蒸水1ml,振蕩混勻,室溫30min,或置冰箱-20℃5min。2、10000r/min離心5min,棄上清,反復(fù)2-3次。
3、于沉淀中加入200?l懸浮好的5%的Chelex-100溶液,56℃水浴2h或37℃水浴過(guò)夜。
4、振蕩5-10秒,置100℃5-10min,取出振蕩溶液5-10s。5、10000r/min5min,上清液即可作為PCR反應(yīng)的DNA模板。注意事項(xiàng):
1、Chelex-100處理模板僅適用于PCR反應(yīng),處理液不宜長(zhǎng)期保存,如果保存的時(shí)間稍長(zhǎng),可將上清液轉(zhuǎn)移至另一管中保存?zhèn)溆谩R话阍谝恢軆?nèi)使用,如果保存時(shí)間過(guò)長(zhǎng)則會(huì)影響PCR擴(kuò)增結(jié)果。
2、在處理模板的各個(gè)步驟中,振蕩要充分。
3、煮沸的溫度、時(shí)間要充分,否則將影響擴(kuò)增。
4、使用前要混勻離心,取上清液作為模板,如果PCR反應(yīng)體系中含有Chelex-100,Mg2+會(huì)被螯合,降低酶活性,使PCR擴(kuò)增失敗。
硅珠法提取DNA: 試驗(yàn)原理: 在高濃度的硫氰酸胍存在的條件下,DNA能夠被二氧化硅特異性吸附,當(dāng)沒(méi)有硫氰酸胍存在時(shí),DNA又可從二氧化硅中釋放出來(lái)。硫氰酸胍是一種高性能的蛋白變性劑,可以使蛋白質(zhì)與DNA充分分離,在硅珠吸附前高速離心可以將變性的蛋白質(zhì)及一些不溶的物質(zhì)除去。吸附后的漂洗過(guò)程則可將溶液中的PCR抑制物洗去。
試驗(yàn)試劑:
1、吸附劑:12gGuSCN溶于10ml0.1mol/LTris-HCl(pH6.4),0.8ml0.5mol/LEDTA,0.5mlTritonX-100。
2、漂洗劑:12gGuSCN溶于10ml0.1mol/LTris-HCl(pH6.4)。
3、硅珠懸浮液:0.06gSilica溶于1ml滅菌超純水。
4、TES:1ml1mol/LTris-HClpH8.0,2ml5mol/LNaCl,2ml0.5mol/LpH8.0EDTA,95ml滅菌超純水。
試驗(yàn)步驟:
1、取1.5ml離心管1支,加入TES200ul,10%SDS40?l再加入血液2-4?l,混勻,煮沸5min。
2、振蕩混勻,加入300-600?l吸附液,混勻。
3、加入20-40?l硅珠懸浮液,振蕩混勻,置室溫15min,振蕩5s,10000r/min離心2min。
4、除去上清,于沉淀中加入200-400?l漂洗液,充分懸浮沉淀物,10000r/min離心1min。
5、去上清液,重復(fù)漂洗一次,去上清后沉淀物用70%乙醇漂洗1-2次。10000r/min5min。
6、去乙醇,置56℃ 10min,于沉淀中加入50-100?lTES,旋渦混合30s,56℃保溫10min。7、10000r/min離心10min,上清液可直接用于PCR反應(yīng)。固相吸附法提取DNA: 試驗(yàn)原理:
硫氰酸胍具有溶解細(xì)胞和滅活核酸酶的性質(zhì),利用當(dāng)硫氰酸胍存在時(shí)硅藻顆粒能特異性吸附DNA,而當(dāng)去除硫氰酸胍時(shí),DNA又能從硅藻上釋放出來(lái)的特性,來(lái)提取樣本中的DNA。該方法尤其適用于臨床標(biāo)本的DNA提取。
試驗(yàn)試劑:
1、裂解液:12gGuSCN,10ml0.1mol/LTris-HClpH6.4,2.2ml0.2mmol/LEDTApH8.0,0.3mlTritonX-100。
2、洗滌液:12gGuSCN,10ml0.1mol/LTris-HClpH6.4。試驗(yàn)步驟:
1、取100?l樣品加900ul裂解液,20?l硅藻液,振蕩混合,10000r/min離心1min,去上清。
2、加1ml洗滌液,懸浮沉淀洗滌,10000r/min離心1min,再重復(fù)一次。加1ml70%乙醇洗一次,1ml丙酮洗一次,去上清,56℃ 10min。
3、加60?lTE緩沖液混勻,56℃ 10min,10000r/min離心5min,上清液備用.DNA含量的檢測(cè)和純化
DNA含量的檢測(cè):
一種方法是通過(guò)凝膠電泳的方法檢測(cè)DNA的含量:取2-5?lDNA溶解液與0.4?l6×載樣緩沖液混合,用0.75%瓊脂糖凝膠(含EB0.5?g/ml)檢測(cè)。溴化乙錠可迅速嵌于DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)中,嵌入DNA中的溴化乙錠受紫外光激發(fā)而發(fā)出熒光,這種熒光強(qiáng)度與DNA總質(zhì)量數(shù)成正比,通過(guò)比較樣品與標(biāo)準(zhǔn)品的熒光強(qiáng)度,對(duì)樣品中的DNA進(jìn)行定量。(詳見(jiàn)凝膠電泳)另一方法是分光光度法,組成DNA的堿基,具有一定的吸收紫外線的特性,其最大吸收值在波長(zhǎng)250-270之間。這些堿基與戊糖、磷酸形成核苷酸后,其吸收紫外線的特性沒(méi)有改變,核酸的最大吸收波長(zhǎng)為260nm,利用DNA的這個(gè)物理特性來(lái)測(cè)定DNA的濃度。
分光光度法的具體方法是:
1、取兩只清潔的比色杯,各加入2ml0.1mol/LNaOH校正零點(diǎn)。
2、以其中的一只比色杯作為空白對(duì)照,在另一只比色杯中加入4?lDNA溶液,再加入0.1mol/LNaOH至2ml混勻。
3、測(cè)定波長(zhǎng)為260nm時(shí)的OD值,再將波長(zhǎng)調(diào)至280nm測(cè)其OD值。
4、根據(jù)OD260=1時(shí),雙鏈的DNA濃度為50?g/ml,單鏈DNA或RNA濃度為40?g/ml,按計(jì)算公式:樣品DNA濃度(?g/ml)=OD260×40?g/ml×稀釋倍數(shù),計(jì)算樣品的DNA濃度。
DNA純化:
首先利用瓊膠電泳將不同分子量的DNA片段分開(kāi),將某一特定分子量區(qū)域的瓊膠切下,利用DNAextractionkit將DNA從瓊膠中溶出并濃縮。(可參考質(zhì)粒DNA的純化)實(shí)驗(yàn)材料: 1、6Xgel-loadingde:15%Ficoll400,0.25%bromophenolblue,0.25%xlenecanol紫外光箱
2、DFBuffer
3、WashBuffer
4、ElutionBuffer:10mMTris-HCl(pH8.5)
5、DFColumn 6、2mlCollectionTube 實(shí)驗(yàn)步驟:
1、將欲分離之DNA混合物以0.7%瓊膠電泳分離。
2、電泳后,將瓊膠置於紫外光箱上觀察,把含有欲純化之DNA片段的瓊膠部位切下。
3、將步驟B的瓊膠以藍(lán)色微量吸管盡可能戳碎。
4、加入500mlDFbuffer,55oC作用10分鐘,每2-3分鐘搖晃數(shù)次,直至瓊膠完全溶解。
5、將步驟D瓊膠溶液全部吸入DFColumn,并套上CollectionTube(收集過(guò)濾液)。6、8000rpm離心1分鐘,將過(guò)濾液倒掉。加入500mlWashBuffer,8000rpm離心1分鐘,過(guò)濾液倒掉。14000rpm離心2分鐘。
7、將DFColumn轉(zhuǎn)移至上另一乾凈的微量離心管.加入15mlElutionBuffer,室溫靜置2分鐘。8、14000rpm離心2分鐘,微量離心管內(nèi)之液體即為純化的DNA片段。
9、取0.5ml純化的DNA加入4.5mlDDW及1ml6xDNAloadingde,跑0.7%瓊膠電泳,與marker比較,估計(jì)DNA的濃度。
第三篇:組織或全血抽提基因組DNA裂解液配方
組織或全血抽提基因組DNA裂解液配方
裂解液配方: 10mM Tris-Cl(pH 8.0)、15mM NaCl、10mM EDTA(pH8.0)、0.4%SDS。200 μg/ml蛋白酶K(使用之前加入)。
(1)1M Tris-Cl(pH8.0)
800ml水中溶解121.1g Tris堿,待溶液冷卻至室溫后加入濃鹽酸調(diào)節(jié)pH至8.0(約需42ml濃鹽酸),定容至1L,高溫高壓滅菌備用。(2)5M氯化鈉
800ml水中溶解292.2g氯化鈉,加水定容至1L,高溫高壓滅菌備用。(3)500 mM EDTA(pH8.0)
800ml水中加入186.1g二水乙二胺四乙酸二鈉(EDTA-Na。2H2O),磁力攪拌助溶,用NaOH調(diào)節(jié)pH至8.0(約需20g NaOH顆粒),定容至1L,高溫高壓滅菌備用。(EDTA二鈉鹽需要調(diào)節(jié)pH至8.0時(shí)才能完全溶解)。(4)10% SDS
900ml水中溶解100g SDS加熱助溶,加濃鹽酸調(diào)節(jié)pH至7.2,加水定容至1L,無(wú)需滅菌。
(5)蛋白酶K;
滅菌水配置成20mg/ml,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
第四篇:TRIpure Reagent總RNA抽提試劑操作方法及步驟說(shuō)明書
杭州昊鑫生物科技股份有限公司
htpp://004km.cn
TRIpure Reagent
TRIpure Reagent總RNA提取試劑
目錄號(hào):RN01 ? 試劑盒組成、儲(chǔ)存、穩(wěn)定性: 試劑盒組成
TRIpure(4℃避光)
(RN0101)50 ml
(RN0102)
ml ? 儲(chǔ)存事項(xiàng):
TRIpure 在室溫下能穩(wěn)定保存12個(gè)月。盡管如此,為達(dá)到最佳效果,我們建議保存在2~8°C的環(huán)境下。
? 重要提示:
本品中含有苯酚,具有毒性和腐蝕性。如果吸入體內(nèi)、接觸皮膚、吞食等會(huì)導(dǎo)致中毒、灼傷以及其他身體傷害。使用本制品時(shí)應(yīng)穿戴防護(hù)物品,如防護(hù)服裝、手套、眼罩、面罩等。如果不小心接觸,應(yīng)立即用大量的水沖洗并前往醫(yī)院治療。
? 1.注意事項(xiàng):
樣品用TRIpure勻漿后,如果不即刻加入氯仿之前,置于-70°C下可放置一個(gè)月以上。保存在75%乙醇中的RNA沉淀,2-8°C可以保存一周,-20°C條件下可以保存1年。RNA半衰期比較短,容易降解,建議提取后盡快進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn),如反轉(zhuǎn)錄成cDNA,Northern Blot等。
2.若下游實(shí)驗(yàn)對(duì)DNA非常敏感,建議用 RNase free DNase I(貨號(hào):RN45)對(duì)RNA進(jìn)行處理。
3.自備試劑:氯仿、異丙醇(新開(kāi)封或提取RNA專用)、75%乙醇(用DEPC處理過(guò)的水配制)、RNase free water或者DEPC處理過(guò)的水。
4.本公司生產(chǎn)TRIpure Reagent質(zhì)量?jī)?yōu)異,可以完美替代Invitrogen的Trizol Reagent。提取質(zhì)量和下游實(shí)驗(yàn)完全一樣。已經(jīng)銷售8年數(shù)萬(wàn)瓶。從無(wú)質(zhì)量問(wèn)題??蛻羧绻?gòu)買本公司TRIpure Reagent證明不能替換Invitrogen的Trizol,無(wú)條件退貨,并3倍銷售價(jià)格賠償。
杭州昊鑫生物科技股份有限公司
htpp://004km.cn
? RNA抽提操作步驟:(實(shí)驗(yàn)前請(qǐng)先閱讀注意事項(xiàng))
提示:用TRIpure 抽提RNA時(shí)要戴手套和護(hù)眼罩。避免接觸皮膚和衣服。在化學(xué)通風(fēng)櫥完成操作。避免呼吸道吸入。如無(wú)特殊說(shuō)明,所有的操作應(yīng)該在在15~30°C的室溫條件下。1.勻漿
a.植物組織:取新鮮植物組織在液氮中充分研磨或?qū)⒅参锝M織剪碎后直接在TRIpure中迅速研磨,每50-100mg組織加入1ml TRIpure,混勻。注意:樣品體積一般不要超過(guò)TRIpure體積的10%。
b.動(dòng)物組織:取新鮮或-70℃凍存動(dòng)物組織盡量剪碎,每30-100mg組織加入1ml TRIpure,勻漿儀進(jìn)行勻漿處理?;蛟谝旱醒心ズ蠹尤隩RIpure 1ml混勻。注意:樣品體積一般不要超過(guò)TRIpure體積的10%。
c.單層培養(yǎng)細(xì)胞:盡量去除干凈殘留培養(yǎng)液后直接往直徑3.5 cm的培養(yǎng)板中加入1ml 的TRIpure覆蓋并反復(fù)吹打裂解細(xì)胞。依據(jù)培養(yǎng)板的面積而不是依據(jù)細(xì)胞的數(shù)量來(lái)決定所需的TRIpure 量(每10cm2加1ml)。當(dāng)TRIpure 量不足時(shí)可導(dǎo)致抽提的RNA中污染有DNA。
注意:貼壁培養(yǎng)細(xì)胞往往不能完全從培養(yǎng)瓶(皿)脫落,這并不意味著裂解不完全,此時(shí)細(xì)胞膜實(shí)際已經(jīng)完全破裂開(kāi),并已釋放出全部RNA,繼續(xù)做即可。d.細(xì)胞懸液: 離心收集細(xì)胞。在TRIpure 試劑中用移液管反復(fù)吹打來(lái)裂解細(xì)胞。每5~10×106的動(dòng)物細(xì)胞,植物或酵母菌細(xì)胞或每1×107細(xì)菌加1ml的TRIpure。在加入TRIpure 前應(yīng)避免洗滌細(xì)胞,因?yàn)槟菢訒?huì)增加mRNA降解的可能性。破裂某些酵母菌和細(xì)菌可能需要使用勻漿器。
e.血液:推薦使用本公司的TRIpure Reagent LS(貨號(hào):RN02),這是全血或者液體樣品專用的TRIpure Reagent,LS就是Liquid Sample 液體樣品的首字母簡(jiǎn)寫。相當(dāng)于Invitrogen公司的 TRIzol LS。
2.3.將勻漿樣品劇烈震蕩后在室溫條件下放置5分鐘以使核蛋白體完全解離??蛇x步驟: 在4°C的條件下以12,000 rpm的離心力離心10分鐘,取上清。如樣品中含有較多蛋白質(zhì),脂肪,多糖或肌肉,植物的塊莖結(jié)節(jié)等可離心去除。杭州昊鑫生物科技股份有限公司
htpp://004km.cn
離心后的沉淀中包含有細(xì)胞外膜,多糖,以及高分子量DNA,上清中含有RNA。處理脂肪組織的樣品時(shí),上層是大量油脂應(yīng)除去。取澄清的勻漿液進(jìn)行下一步。4.每1ml TRIpure加0.2ml氯仿。蓋緊管蓋,劇烈震蕩15秒并將其在室溫下放置2~3分鐘。5.在4°C 12,000 rpm的離心力高速冷凍離心10-15分鐘。離心后混合物分成三層:下層紅色有機(jī)苯酚氯仿層,中間層,上層無(wú)色的水樣層。RNA無(wú)一例外地存在于水樣層當(dāng)中。水樣層的容量大約為所加TRIpure 容量的50-60%。(有機(jī)層和中間層是蛋白和DNA,如果需要提取,請(qǐng)聯(lián)系我們索取提取方法)。6.將水樣層轉(zhuǎn)移到一干凈的離心管中,加入等體積異丙醇。顛倒混勻后室溫放置10分鐘。
RNA沉淀在離心前通常不可見(jiàn),離心后在管側(cè)和管底形成膠狀沉淀。
7.8.9.在室溫或者4°C 12,000 rpm 離心10分鐘,棄上清。
加入75%乙醇洗滌沉淀。每使用1?ml?TRIpure用1?ml?75%乙醇對(duì)沉淀進(jìn)行洗滌。在室溫或者4°C 12,000 rpm離心3分鐘,棄上清,注意不要丟失RNA沉淀。注意:剩余的少量液體可短暫離心,然后用槍頭吸出,注意不要吸棄沉淀。? 10.室溫放置2-3分鐘,晾干。加入30-100μl RNase free water,充分溶解RNA,得到的RNA保存在-70℃,防止降解。
注意:沉淀不要過(guò)分干燥,以免難于溶解。
第五篇:TRIpure LS 總RNA抽提試劑操作方法及步驟說(shuō)明書
杭州昊鑫生物科技股份有限公司
htpp://004km.cn
TRIpure Reagent LS 液體樣本總RNA提取試劑
目錄號(hào):RN02 ? 試劑盒組成、儲(chǔ)存、穩(wěn)定性: 試劑盒組成
TRIpure LS(4℃避光)(RN0201)50 ml
(RN0202)
ml
? 儲(chǔ)存事項(xiàng):
TRIpure LS在室溫下能穩(wěn)定保存12個(gè)月。盡管如此,為達(dá)到最佳效果,我們建議保存在2~8°C的環(huán)境下。
? 重要提示:
本品中含有苯酚,具有毒性和腐蝕性。如果吸入體內(nèi)、接觸皮膚、吞食等會(huì)導(dǎo)致中毒、灼傷以及其他身體傷害。使用本制品時(shí)應(yīng)穿戴防護(hù)物品,如防護(hù)服裝、手套、眼罩、面罩等。如果不小心接觸,應(yīng)立即用大量的水沖洗并前往醫(yī)院治療。
? 1.注意事項(xiàng):
樣品用TRIpure LS勻漿后,如果不即刻加入氯仿之前,置于-70°C下可放置一個(gè)月以上。保存在75%乙醇中的RNA沉淀,2-8°C可以保存一周,-20°C條件下可以保存1年。RNA半衰期比較短,容易降解,建議提取后盡快進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn),如反轉(zhuǎn)錄成cDNA,Northern Blot等。
2.若下游實(shí)驗(yàn)對(duì)DNA非常敏感,建議用 RNase free DNase I(貨號(hào):RN45)對(duì)RNA進(jìn)行處理。
3.自備試劑:氯仿、異丙醇(新開(kāi)封或提取RNA專用)、75%乙醇(用DEPC處理過(guò)的水配制)、RNase free water或者DEPC處理過(guò)的水。
4.本公司生產(chǎn)TRIpure Reagent LS質(zhì)量?jī)?yōu)異,可以完美替代Invitrogen的Trizol Reagent LS。提取質(zhì)量和下游實(shí)驗(yàn)完全一樣。
? RNA抽提操作步驟:(實(shí)驗(yàn)前請(qǐng)先閱讀注意事項(xiàng))杭州昊鑫生物科技股份有限公司
htpp://004km.cn
提示:用TRIpure LS抽提RNA時(shí)要戴手套和護(hù)眼罩。避免接觸皮膚和衣服。在化學(xué)通風(fēng)櫥完成操作。避免呼吸道吸入。如無(wú)特殊說(shuō)明,所有的操作應(yīng)該在15~30°C的室溫條件下。1.勻漿
a.生物液體:每0.25ml液體樣品(血清,血漿,腦脊液等等)加入0.75ml TRIpure LS,用加樣槍吹打液體樣品幾次以幫助裂解樣品中細(xì)胞。每5~10×106個(gè)細(xì)胞至少加入0.75ml TRIpure LS。TRIpure LS 和液體樣品的終體積比總是3:1。b.動(dòng)物組織:用glass或強(qiáng)力勻漿器攪勻組織樣品,每50~100mg組織或者0.25ml組織懸液加0.75ml的TRIpure LS。一般50~100mg組織體積都要小于0.25ml,如果組織樣品的體積小于0.25ml,加入滅菌水將組織樣品體積調(diào)整到0.25ml以保證體積比例是3:1。
c.單層生長(zhǎng)細(xì)胞:直接往直徑3.5 cm的培養(yǎng)板中加入0.3ml-0.4ml的TRIpure LS裂解細(xì)胞,用加樣槍吹打幫助充分裂解細(xì)胞。依據(jù)培養(yǎng)板的面積而不是依據(jù)細(xì)胞的數(shù)量來(lái)決定所需的TRIpure LS量(每10cm2加0.3-0.4ml)。不需要往裂解物里面加水,因?yàn)榕囵B(yǎng)板中附著殘留的培養(yǎng)液已經(jīng)充分稀釋了TRIpure LS。注意:貼壁培養(yǎng)細(xì)胞往往不能完全從培養(yǎng)瓶(皿)脫落,這并不意味著裂解不完全,此時(shí)細(xì)胞膜實(shí)際已經(jīng)完全破裂開(kāi),并已釋放出RNA,繼續(xù)做即可。d.細(xì)胞懸液:通過(guò)離心來(lái)沉淀細(xì)胞。在TRIpure LS試劑中用移液管反復(fù)吹打來(lái)裂解細(xì)胞。每5~10×106的動(dòng)物細(xì)胞,植物或酵母菌細(xì)胞或每1×107細(xì)菌加0.75ml的TRIpure LS。和步驟b一樣用滅菌水調(diào)節(jié)樣品體積到0.25毫升。在加入TRIpure LS前應(yīng)避免洗滌細(xì)胞,因?yàn)槟菢訒?huì)增加mRNA降解的可能性。破裂某些酵母菌和細(xì)菌可能需要使用勻漿器。
e.植物組織:取新鮮植物組織在液氮中充分研磨或?qū)⒅参锝M織剪碎后直接在TRIpure LS中迅速研磨,每50-100mg組織加入0.75ml TRIpure LS,和步驟b一樣用滅菌水調(diào)節(jié)樣品體積到0.25毫升,混勻。
2.3.將勻漿樣品劇烈震蕩后在室溫條件下放置5分鐘以使核蛋白體完全解離??蛇x步驟: 在4°C的條件下以12,000 rpm的離心力離心10分鐘,取上清。杭州昊鑫生物科技股份有限公司
htpp://004km.cn
如樣品中含有較多蛋白質(zhì),脂肪,多糖或肌肉,植物的塊莖結(jié)節(jié)等可離心去除。離心后的沉淀中包含有細(xì)胞外膜,多糖,以及高分子量DNA,上清中含有RNA。處理脂肪組織的樣品時(shí),上層是大量油脂應(yīng)除去。取澄清的勻漿液進(jìn)行下一步。4.每0.75ml TRIpure LS加0.2ml氯仿。蓋緊管蓋,劇烈震蕩15秒并將其在室溫下放置2~3分鐘。5.在4°C 12,000 rpm的離心力高速冷凍離心10-15分鐘。離心后混合物分成三層:下層有機(jī)苯酚氯仿層,中間層,上層無(wú)色的水樣層。RNA無(wú)一例外地存在于水樣層當(dāng)中。水樣層的容量大約為所加TRIpure LS容量的70%。(有機(jī)層和中間層是蛋白和DNA,如果需要提取,請(qǐng)聯(lián)系我們索取提取方法)。6.將水樣層轉(zhuǎn)移到一干凈的離心管中,加入等體積異丙醇。顛倒混勻后室溫放置10分鐘。
RNA沉淀在離心前通常不可見(jiàn),離心后在管側(cè)和管底形成膠狀沉淀。
7.8.在室溫或者4°C 12,000 rpm 離心10分鐘,棄上清。
加入75%乙醇洗滌沉淀。每使用0.75ml TRIpure LS用1ml 75%乙醇對(duì)沉淀進(jìn)行洗滌。9.在室溫或者4°C 12,000 rpm離心3分鐘,棄上清,注意不要丟失RNA沉淀。注意:剩余的少量液體可短暫離心,然后用槍頭吸出,注意不要吸棄沉淀。? 10.室溫放置2-3分鐘,晾干。加入30-100μl RNase free水,充分溶解RNA,得到的RNA保存在-70℃,防止降解。
注意:沉淀不要過(guò)分干燥,以免難于溶解。