第一篇:血液總RNA抽提
血液總RNA抽提
1.取250ul血清加入750ul Trizol LS(用于液體中RNA的抽提)中,劇烈震蕩,靜置。2.加入200ul 三氯甲烷,劇烈震蕩,靜置10min。3.4度,12000g 離心15min。4.吸上清至新的EP管,加入500ul(與所吸出的上清比列為1:1)異丙醇,并加入1ul的糖原,輕輕上下顛倒混勻,-20度冰箱沉淀過夜。5.4度,12000g 離心15min。留沉淀(RNA),將上清倒掉,加入1ml 75%的乙醇(DEPC水配),上下顛倒,洗滌RNA沉淀。6.4度7500g離心10min。去上清,將沉淀晾干(不能太干)加入10ul左右的Rnase free 的水溶解即可。
第二篇:RNA抽提知識
RNA抽提
1:RNA抽提原理
簡單地講,RNA抽提包含樣品的裂解和純化兩大步驟。裂解是使樣品中的RNA游離在裂解體系中的過程,純化則是使RNA與裂解體系中的其它成分,如DNA、蛋白質(zhì)、鹽及其它雜質(zhì)徹底分離的過程。Trizol試劑的出現(xiàn)基本能解決絕大部分樣品RNA抽提,該方法已經(jīng)成為了 RNA 抽提的主流。
2:了解你的實(shí)驗(yàn)樣品
如果你研究某個(gè)實(shí)驗(yàn)樣品,并且要抽提它的RNA,以下的信息一定要先行收集:該樣品的RNA含量、酶含量、特殊雜質(zhì)含量。如果你對樣品的特點(diǎn)一無所知,當(dāng)樣品稍微有一點(diǎn)復(fù)雜時(shí),抽提RNA的實(shí)驗(yàn)就會(huì)碰到許多問題。以血液為例,如果你不知道鳥的血液中有核細(xì)胞的含量是人血的千倍左右,而使用人血一樣的起始量去抽提鳥血的基因組 DNA,怎么可能成功?失敗了又怎么知道原因所在?同時(shí),只有對實(shí)驗(yàn)樣品有所了解,才能正確選擇抽提方法。但同時(shí)提醒的是:沒有信息是可怕的,更可怕的是將錯(cuò)誤的信息當(dāng)真的了。
3:實(shí)驗(yàn)樣品量的取用
樣品與Trizol的比例。這個(gè)問題非常重要,應(yīng)該獲得足夠的重視。Trizol的Protocol,提供了一個(gè)簡單的比例,1ml 裂解液可以用于 50-100mg 組織或5-10X106個(gè)細(xì)胞;我的建議是,樣品量絕對要小于資料所提供的。起始樣品用多大,并沒有具體的說法。如果不是樣品量有限,則以能抽提出滿足數(shù)次成功實(shí)驗(yàn)所需的RNA,作為決定樣品起始量的基礎(chǔ),會(huì)比較合理的。不要因?yàn)?1ml 裂解液可以抽提 100mg 樣品,就一定使用 100mg 樣品。裂解液的用量,表面上與抽提的結(jié)果(純度及得率)沒有關(guān)系,然而,在實(shí)際操作中,對結(jié)果是有比較大的影響的。裂解液的用量原則是:確保能徹底裂解樣品,同時(shí)使裂解體系中核酸的濃度適中。濃度過低,將導(dǎo)致沉淀效率低,影響得率;濃度過高,去除雜質(zhì)的過程復(fù)雜且不徹底,導(dǎo)致純度下降。不同得樣品其RNA含量差別很大。高豐度(2-4ug/mg)的如肝臟,胰腺,心臟,中豐度(0.05-2ug/mg)的如腦,胚胎,腎臟,肺,胸腺,卵巢,低豐度(<0.05ug/mg)的如膀胱,骨,脂肪??紤]后續(xù)實(shí)驗(yàn),一般情況下,高豐度的樣品取用量大概是10-20mg/ml Trizol,中豐度樣品50mg/ml Trizol,低豐度樣品我們可以根據(jù)客戶提供的實(shí)驗(yàn)樣品量酌情取用。重申一下,不是越多越好,在考慮樣品在1ml Trizol里能充分裂解的同時(shí),還得考慮大量的樣品可能也會(huì)帶來大量的雜質(zhì)!利用Trizol試劑抽提血清樣品時(shí),Trizol /血清比值不要小于7/3。石蠟樣品由于RNA降解嚴(yán)重,含量大打折扣,所以取樣時(shí)應(yīng)該按低豐度樣品原則取用。
3:裂解方法
裂解的目的就是破壞細(xì)胞的結(jié)構(gòu),釋放出里面的RNA,使其溶解于裂解液中。絕大部分樣品的裂解,比如凍存的細(xì)胞,心、肝、脾、肺、腎等,利用Trizol試劑,普通的勻漿方法就可以達(dá)到滿意的效果!但是如果碰到比較特殊的樣品,我們可能要附加一些其他的輔助手段。1)骨骼。骨骼組織質(zhì)地堅(jiān)硬,普通的勻漿器根本無法使其破碎,以致RNA不能完全釋放溶解在TRIZOL試劑中,碰到這種類型的樣品,我們必須先利用液氮把樣品破碎成粉末狀,Trizol懸浮混勻再利用Minibeadbeater勻漿5分鐘。取上清, 2000g 4℃離心5min再取上清 去沉淀。2)細(xì)菌 Trizol雖然對細(xì)胞的裂解效果出眾,但是對細(xì)菌堅(jiān)韌的細(xì)胞壁還是無可奈何,這時(shí)我們可以利用超聲來輔助破壁。將細(xì)菌重懸于300ul的Trizol中,置于Bioruptor冰水浴中,M 檔 30s “on”、30“off”超聲處理1—2 min.取出用Trizol將體積補(bǔ)至1ml。3)酵母 酵母細(xì)胞跟細(xì)菌一樣,還是因?yàn)榧?xì)胞壁的原因,不能充分裂解。Zymolyase在37℃ 40分鐘可以很好的消化掉酵母細(xì)胞壁,這里需要提醒的是消化緩沖液不能有外源性RNA酶污染,最好附加使用RNA酶抑制劑,做好了這點(diǎn)就不用擔(dān)心這步有RNA降解的問題。4)石蠟包埋樣品 石蠟包埋的組織樣品在加Trizol裂解前必須先脫蠟,脫蠟的效果直接影響后續(xù)實(shí)驗(yàn),所以我們?yōu)槭姑撓灣浞?,選用高溫脫蠟與二甲苯脫蠟相結(jié)合的兩步脫蠟法。脫蠟后加入Trizol勻漿。5)脂肪 脂肪組織可以直接用Trizol 勻漿,這里需要提醒的是脂肪組織勻漿后,需室溫靜置5min,再室溫7500g 離心5分鐘,去除上面的脂肪層再繼續(xù)后續(xù)實(shí)驗(yàn)!
4:分相
Trizol里含有的物質(zhì)之一“酚”去除蛋白質(zhì)是有一定的飽和度的。超過了該飽和度,裂解體系中的蛋白質(zhì)不會(huì)被一次去除,裂解勻漿后的樣品,按1ml Trizol 加200ul 的氯仿,震蕩離心,絕大部分樣品在這一步是不需要用特殊方法對待的,但對于蛋白含量比較高的組織樣品必須要二次抽提,甚至多次抽提方可徹底去除。這里要著重提到的是血清樣品!離心分相后,取上清這一步是分相實(shí)驗(yàn)的操作難點(diǎn),一定要謹(jǐn)慎,萬不可混入有機(jī)相污染,原則是寧缺勿濫!
5:異丙醇的沉淀
異丙醇的沉淀,目的是使RNA從裂解體系中沉淀下來,從而實(shí)現(xiàn)RNA與其它雜質(zhì) – 主要是鹽 – 的分離。實(shí)際操作中,有的雜質(zhì)也會(huì)與RNA一起被醇沉淀下來,尤其是當(dāng)其它雜質(zhì)的濃度也比較高的時(shí)候。異丙醇的沉淀并不是非常特異性的,有機(jī)大分子及一些鹽,當(dāng)濃度達(dá)到一定水平后,都可能同步被沉淀下來。在不影響后續(xù)實(shí)驗(yàn)的情況下,我們是可以忽略這些鹽污染。有些實(shí)驗(yàn)樣品,由于前期用藥物或某種方法處理過,導(dǎo)致會(huì)殘留有一些特殊的雜質(zhì),之所以殘留,往往是因?yàn)檫@些雜質(zhì)與RNA有一些相似性:你沉淀我沉淀,你吸附我吸附。這些特點(diǎn)決定了它們往往是非常強(qiáng)的酶抑制劑,對后續(xù)實(shí)驗(yàn)影響非常大。這里介紹有幾種方法除去這些雜質(zhì):1)TRIzol 提供的一個(gè)沉淀方案:一半異丙醇加一半高鹽溶液替代純粹的異丙醇,可以大大降低多糖殘留。2)介質(zhì)純化:遇到一些與RNA共同沉淀下來且影響后續(xù)實(shí)驗(yàn)的一些雜質(zhì),可以利用BioMag公司提供的連有 Oligo dT的磁珠純化出總RNA中的mRNA,這個(gè)方法優(yōu)點(diǎn)是基本能解決絕大多數(shù)有雜質(zhì)污染的總RNA(目前沒有遇到這種方法處理不了的),缺點(diǎn)是成本比較高。對與RNA含量少的樣品,直接異丙醇沉淀得率會(huì)很低,而且基本看不見沉淀物,這也會(huì)給后續(xù)的操作帶來很大的麻煩,進(jìn)一步損失RNA。遇到這種情況我們可以使用一種媒介(Golycogen)跟RNA共同沉淀下來,這種媒介物質(zhì)既能很好的跟RNA共同沉淀下來,又不會(huì)影響后續(xù)實(shí)驗(yàn)。不要迷信試劑說明書里的標(biāo)準(zhǔn)方法;有時(shí),使用標(biāo)準(zhǔn)方法碰到問題在標(biāo)準(zhǔn)方法中是找不到答案的,要具體問題具體分析。
6:洗滌
洗滌注意四點(diǎn):首先一定要將沉淀懸浮起來;第二就是要有一定的時(shí)間,尤其是當(dāng)RNA沉淀比較大時(shí) ;第三是少量多次;第四則是去上清要徹底。在異丙醇沉淀后,絕大多數(shù)時(shí)是能看見管底的白色沉淀,但還是有時(shí)候是看不見的,即使是加過Golycogen的。遇到這種情況不要慌,沒看見不等于沒有,遇到這種情況可以先用移液器小心的吸去上清,注意槍頭不要碰到管壁。加入75%乙醇,上下顛倒幾次,短暫離心后用移液器吸去上清,同時(shí)仔細(xì)觀察管壁是否有掛液。如果有,那沒問題,可以確定沉淀都附在管壁上了。
7:RNA的溶解和保存
純化后的RNA溶解以水為主,用無Rnase酶的水溶解的RNA基本上還算穩(wěn)定,其穩(wěn)定與溫度成反比,與濃度成正比。所以抽提好的RNA應(yīng)盡快保存在-70℃,避免反復(fù)凍融,同時(shí)注意不要把濃度稀釋的太低,大概保持在1000ng/ul。如果溫度合適,保存中RNA發(fā)生降解或者消失,其原因應(yīng)該是酶殘留導(dǎo)致的酶解。
8:RNA質(zhì)量的檢測問題
將抽提好的RNA直接用于后續(xù)的實(shí)驗(yàn),是唯一可靠的檢測方法;除此之外的檢測方法,都是相對的,不可全信。目前實(shí)驗(yàn)室用于正式實(shí)驗(yàn)前檢測RNA質(zhì)量的方法,一是電泳,二是NANO-Drop。電泳檢測的主要是RNA的完整性和大小,該方法還是比較可信的;同時(shí)電泳還可以用于估計(jì)核酸的濃度,其準(zhǔn)確度與經(jīng)驗(yàn)有關(guān);另外,電泳也可能提供某些雜質(zhì)污染的信息,但是同樣與經(jīng)驗(yàn)有關(guān)。NANO-Drop檢測的是純度和核酸含量。然而,由于NANO-Drop不能確保非常準(zhǔn)確,所以,提供的結(jié)果并不十分可信。一般講,同時(shí)進(jìn)行NANO-Drop檢測和電泳檢測,綜合二者的結(jié)果,可以做出一個(gè)更合理的判斷。但由于這兩個(gè)方法都有缺陷,所以,即使出現(xiàn)壞的結(jié)果能用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)而好的結(jié)果卻不能用于后續(xù)實(shí)驗(yàn),也不用大驚小怪。(A260/A280 比值低 – 蛋白質(zhì)殘留但更可能是苯酚殘留。A260 值提示的含量與電泳檢測時(shí)提示的含量有可見的誤差可初步判斷是苯酚殘留。)
第三篇:RNA的抽提與鑒定
RNA的抽提與鑒定
背景
核糖核酸(RiboNucleic Acid,簡稱RNA)是由至少幾十個(gè)核糖核苷酸通過磷酸二酯鍵連接而成的一類核酸,因含核糖而得名,簡稱RNA。
遺傳信息從DNA傳遞給RNA,再從RNA傳遞給蛋白質(zhì),即完成遺傳信息的轉(zhuǎn)錄和翻譯的過程。也可以從DNA傳遞給DNA,即完成DNA的復(fù)制過程。這是所有有細(xì)胞結(jié)構(gòu)的生物所遵循的法則。在某些病毒中的RNA自我復(fù)制(如煙草花葉病毒等)和在某些病毒中能以RNA為模板逆轉(zhuǎn)錄成DNA的過程(某些致癌病毒)是對中心法則的補(bǔ)充。
三種常見的RNA 1.mRNA 信使RNA 功能:蛋白質(zhì)合成的直接模板 2.tRNA 轉(zhuǎn)運(yùn)RNA 功能:氨基酸的運(yùn)載體
3.rRNA 核糖體RNA 功能:核糖體的組成成分,蛋白質(zhì)的合成場所
其他小分子RNA 1.hnRNA 核內(nèi)不均一RNA 成熟mRNA的前提 2.snRNA 核內(nèi)小RNA 參與hnRNA的剪接與轉(zhuǎn)運(yùn) 3.snoRNA 核仁小RNA rRNA的加工與修飾
4.scRNA/7SL-RNA 胞質(zhì)小RNA 蛋白質(zhì)內(nèi)置為定位合成信號識別體組成成分 5.siRNA 小的干擾RNA siRNA在RNA沉寂通道中起中心作用,是對特定信使RNA(mRNA)進(jìn)行降解的指導(dǎo)要素
實(shí)驗(yàn)原理
細(xì)胞中的RNA可分為信使RNA,轉(zhuǎn)運(yùn)RNA和核糖體RNA三類,這三種類型的RNA都存在于細(xì)胞質(zhì)中,所以從不同組織中提取的總RNA的本質(zhì)就是細(xì)胞的裂解,RNA的釋放,通過不同的方式去除蛋白質(zhì),DNA等雜質(zhì),最終獲得高純度的RNA產(chǎn)品工藝。
實(shí)驗(yàn)?zāi)康?/p>
1完整RNA的提取和純化,是進(jìn)行RNA方面的研究工作,如Nothern雜交、mRNA分離、RT-PCR、定量PCR、cDNA合成及體外翻譯等的前提。2臨床診斷中的應(yīng)用:病毒檢測等
RNA提取的方法及步驟
1提取總核酸,再用氯化鋰將RNA沉淀出來。(該方法將導(dǎo)致小分子量RNA的丟失,目前該方法的使用頻率已很低。)
2在酸性條件下抽提,酸性下DNA與蛋白質(zhì)進(jìn)入有機(jī)相而RNA留在水相,而達(dá)到分離RNA的目的。
根據(jù)所用蛋白質(zhì)變性劑種類不一樣分為以下兩種制備方法: 1胍鹽法:異硫氰酸胍和硫氰酸胍 2LiCl/尿素法 以胍鹽法最好,對于從那些RNase含量很高的組織(胰臟)中提取RNA特別有效,可使RNase迅速變性,制備的RNA有較高翻譯活性。
Trizol(異硫氰酸胍-苯酚法)
1由苯酚和硫氰酸胍等配制而成的單相的快速抽提試劑;
2可在破碎細(xì)胞、降解細(xì)胞其它成分的同時(shí)保持RNA的完整性;
3在氯仿抽提、離心分離后,RNA處于水相中,將水相轉(zhuǎn)管后用異丙醇沉淀RNA; Trizol可以從最少100個(gè)細(xì)胞或1mg組織中提取RNA。如果細(xì)胞量過少或組織來源特異,可以采用相應(yīng)試劑盒提取RNA。
Trizol法的原理
1異硫氰酸,β-巰基乙醇,SDS裂解細(xì)胞
2酸性條件(pH4.0)下酚、氯仿抽提,離心,蛋白質(zhì),DNA和脂質(zhì)進(jìn)入有機(jī)相,而RNA存在于水相
3異丙醇沉淀水相中的RNA
Trizol法提取RNA操作步驟
1.剪碎的鼠肝中加入Trizol試劑,進(jìn)行機(jī)械勻漿,取1ml Trizol勻漿液于1.5ml離心管內(nèi),室溫放置5分鐘,以充分裂解細(xì)胞。目的:變性劑充分作用裂解細(xì)胞,釋放核酸。2.每管加入200ul氯仿,振蕩混勻后室溫放置15min;注:禁用漩渦振蕩器,以免基因組DNA斷裂。
3.4℃ 12,000rpm離心15min;
4.吸取上層水相,至另一離心管中;注:不要吸取中間界面。目的:分離RNA、DNA、蛋白質(zhì)等。
5.加入0.5ml 異丙醇混勻,室溫放置5-10min;
6.4℃ 12,000g離心10min,棄上清,RNA沉于管底;目的:沉淀RNA。異丙醇會(huì)奪取大量RNA分子間的水分子,因此RNA分子之間就容易形成氫鍵而發(fā)生沉淀。7.按1ml 75%乙醇/ml Trizol加入75%乙醇,溫和振蕩離心管,懸浮沉淀。(此時(shí)可放-70℃保存)目的:洗滌RNA,去除殘余的鹽類等雜質(zhì)。8.4℃10000rpm離心5min,盡量棄上清。
9.短暫離心收集管壁液體并吸棄。室溫晾干2-3min。注:RNA樣品不要過于干燥,否則很難溶解。
10.用200ul(體積可根據(jù)RNA的沉淀量具體調(diào)整)DEPC處理的H2O溶解RNA樣品,溶解后立即置于冰上。注:H2O、TE或0.5%SDS均須用DEPC處理并高壓。
簡易TBE電泳觀察RNA的完整度 1制膠:瓊脂糖凝膠粉(0.7%),消毒TBE緩沖液,Goldview顯色劑
2上樣:10ul樣品(含上樣緩沖液)混勻后,加入凝膠孔中;上樣緩沖液(loading Buffer): 溴酚藍(lán)、二甲苯青FF、蔗糖,甘油 3電泳:電泳110V,15min。4紫外燈下觀察
RNA 質(zhì)量及純度的分析
方法
一、檢測RNA溶液的吸光度 260、320、230、280nm的吸光度分別代表核酸、背景(溶液渾濁度)、鹽濃度和蛋白質(zhì)的水平;
純的RNA,230:260:280=1:2:1;
一般OD260/OD280= 1.8~2時(shí),我們認(rèn)為RNA中蛋白或者時(shí)其他有機(jī)物的污染是可以容忍的; 當(dāng)R<1.8時(shí),溶液中蛋白或者時(shí)其他有機(jī)物的污染比較明顯; 當(dāng)R>2.2時(shí),說明RNA已經(jīng)水解成單核酸了; RNA濃度=OD260×40μg/ml×稀釋倍數(shù)。
方法
二、RNA的電泳圖譜
檢測28S和18S條帶的完整性和他們的比值,或者是mRNA smear的完整性。一般28S和18S條帶明亮、清晰、條帶銳利(指條帶的邊緣清晰),并且28S的亮度在18S條帶的兩倍以上,我們認(rèn)為RNA的質(zhì)量好。
方法
三、保溫試驗(yàn)
RNA溶液在70℃的恒溫水浴中保溫1 h。另一份放置在-20℃冰箱中保存1 h。比較兩者的電泳條帶,說明RNase的污染情況。
如何盡量避免RNA的降解?
1及時(shí)處理樣本,或置液氮中保存
2試驗(yàn)器皿及配置試劑用水用0.1%DEPC處理且高壓消毒 3盡可能早的去除組織與細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì) 4聯(lián)合使用RNase抑制劑
5操作過程中,戴手套口罩,避免空氣流通 6進(jìn)行完整性的檢測
第四篇:invitrogen trizol rna抽提說明書
RNA抽提全過程(TRIZOL)
一,準(zhǔn)備工作 1,實(shí)驗(yàn)器具與材料:
(1)移液槍:1ml、200ul、10ul(2)吸頭:1ml、200ul、20ul
(3)吸頭臺:放置1ml吸頭的一個(gè),放置200ul和20ul的吸頭一個(gè)(4)EP管1.5ml、100ul(5)玻璃研磨器(6)容量瓶:1000ml(7)鹽水瓶:100ml
(8)15ml塑料管一個(gè)(配75%乙醇用)
2,實(shí)驗(yàn)器具的處理與準(zhǔn)備
(1)塑料制品:(包括吸頭、EP管等)
將塑料制品逐個(gè)浸泡于1‰DEPC水中(必要時(shí)小槍頭需要用吸管打入DEPC水)37℃過夜,然后送至高壓3次,后在80℃烘烤箱中烘干(或置于37℃中8小時(shí)左右烘干),試驗(yàn)前將槍頭放入吸頭臺?;蛑苯淤徺I經(jīng)DEPC處理的槍頭和EP管,每盒大約30元,基本上試劑公司都可以購買。
(2)玻璃制品:(主要是玻璃研磨器)
先泡酸過夜,沖洗干凈后,在1‰DEPC水中泡8小時(shí)左右,37℃烘干,用蒙錫紙包裹送至干烤3次(或180度干烤)。(3)金屬制品:(鑷子等)
先洗干凈,再送干烤3次。(不需要泡DEPC水)3,試劑配制和準(zhǔn)備:
(1)DEPC水:泡實(shí)驗(yàn)器具的DEPC水的配制:1000ml雙蒸水中加1mlDEPC,放在1000ml容量瓶中靜置4小時(shí)后備用。配75%乙醇的DEPC水的配制:100ml鹽水瓶內(nèi)裝40ml雙蒸水,加40ulDEPC,37℃過夜,送至高壓。
(2)75%乙醇(要在抽提時(shí)現(xiàn)配):用無水乙醇和DEPC水配制(DEPC水:無水乙醇=1:3),然后放于-20℃?zhèn)溆?。?)異丙醇:放入棕色瓶(4)氯仿:放入棕色瓶
(5)Trizol:100ml/瓶 存放于4℃
二,抽提時(shí)注意事項(xiàng):
全程佩戴一次性手套和口罩,手套要勤換,避免戴上的一次性的手套接觸可疑污染物。
三,抽提步驟 1. 勻漿化作用
取約100mg鼠腦組織放于玻璃研磨器內(nèi),先加0.2ml的Trizol溶液,研磨組織后,倒入1.5mlEP管中,再在研磨器內(nèi)加入0.8ml的Trizol溶液洗,后全部再倒入EP管中。顛倒混勻10下,室溫靜置5分鐘。2. 分離階段
每1mlTrizol中加0.2ml氯仿。蓋緊樣品管蓋,用手用力搖晃試管15秒,使其充分混勻,室溫靜置5分鐘。后12000rmp離心15分鐘。3. RNA的沉淀
將上層水相轉(zhuǎn)入新的1.5mlEP管中(約400-500ul),加入0.5ml異丙醇,混勻后放于-20℃中1小時(shí),后12000rmp離心10分鐘。4. RNA的洗脫 小心倒掉上清,留取沉淀。加1ml現(xiàn)配的75%的乙醇(預(yù)冷)振蕩洗滌RNA沉淀一次,后7500rmp離心5分鐘。5. RNA的再溶解
小心倒掉上清,取沉淀置超凈工作臺開風(fēng)機(jī)吹干(約30分鐘,此時(shí)RNA沉淀變透明)。注意不能讓RNA沉淀完全干燥(會(huì)極大地降低它地可溶性)。再在管中加20ul的DEPC水溶解,在55-60℃下孵育10分鐘助溶。6,RNA的保存
提取的RNA保存于-70℃超低溫冰箱中,或立即用于逆轉(zhuǎn)錄。
TRIzol法抽提總RNA
組織100mg ↓
加1mlTRIzol ↓
研磨,勻漿(研磨時(shí)倒入液氮,研磨完后從研缽轉(zhuǎn)入EP管中,)(組織勻漿量>100mg時(shí)分裝1ml/每EP管)↓
顛倒混勻10下,室溫5分鐘 ↓
加氯仿1/5體積(0.2ml)(必須按總體積的1/5)↓
顛倒混勻15S,室溫5分鐘 ↓
4℃,離心12000rmp,15分鐘 ↓
轉(zhuǎn)上層水相(約400-500μl)于另一新1.5mlEP管中(注意勿吸入中間那層)↓
加等體積異丙醇(約400-500μl)↓
4℃,離心12000rmp,10分鐘 ↓
棄上清 ↓
加冰預(yù)冷的75%乙醇(用高壓后的DEPC水配)1ml ↓
4℃離心7500rmp,5分鐘 ↓
棄上清,超凈工作臺開風(fēng)機(jī)干燥約30分鐘(不能完全干燥)↓
溶于DEPC水中至50μl(此處可按照實(shí)際情況修改,有人用50,也有人用100)(可在55-60℃水中,<10分鐘助溶)↓
立即保存于-70℃超低溫冰箱中,或立即用于逆轉(zhuǎn)錄
RNA純度檢測及定量
從36μl中取6μl,用無RNA酶的水稀釋100倍至600μl,用DU70型分光光度儀分別測定樣品在260nm、280nm波長的光密度值,計(jì)算出RNA的濃度(μg/ml)。
純RNA樣品的A260/A280比值為1.7-2.1,若低于此值,表明存在蛋白質(zhì)污染,需重新用酚/氯仿抽提。RNA樣品的A260/A230比值應(yīng)大于2.0,若低于該標(biāo)準(zhǔn),提示有變性緩沖液殘留需重新用乙醇沉淀RNA,然后用750ml/L的乙醇洗滌,以除去殘留的變性緩沖液。
RNA電泳
用無Rnase水配TAE電泳液,稱1.0g新開封的瓊脂糖,加TAE電泳液至100ml,煮沸,加溴乙錠20μl,降至室溫后灌膠置DEPC水處理過的電泳槽中,凝固20min,加TAE 緩沖液浸沒膠塊。取15μl RNA加6×RNA專用上樣緩沖液3μl,混勻,用移液槍將樣品加入上樣孔內(nèi),待溴酚藍(lán)遷移至理想位置后,終止電泳,紫外燈下觀察、拍照。
上傳RNA電泳條帶如下
最下面條帶代表5s 色淺代表RNA基本無降解
如出現(xiàn)拖把狀條帶 則為降解較嚴(yán)重情況
但有時(shí)這種情況也可以照樣RT-PCR
我們同學(xué)就有在低溫冰箱放了幾個(gè)月的組織照樣可以出結(jié)果的
第五篇:血液標(biāo)本抽提DNA
抗凝全血中提取DNA
準(zhǔn)備: 配制80%異丙醇和70%乙醇各1ml備用。選擇2ml的 離心管。血液的體積為2ml。先向2ml的離心管中加入1ml的血液。后加入1ml的buffer MG-A,劇烈搖晃20次;10000xg 離心30s,緩慢倒掉上清。再加入1ml的血液,再加入1ml的buffer MG-A,劇烈搖晃20次;10000xg 離心30s,緩慢倒掉上清。注意: 使用底部帶有棱角的離心管,以防倒上清時(shí),沉淀滑出離心管。
如果血液體積超過1/2離心管的體積,可分兩次進(jìn)行處理。目的:buffer MG-A的作用是快速裂解細(xì)胞,并且促使DNA形成容易沉淀的凝聚物。加入1ml的buffer MG-A。Vortex充分震蕩,10000xg 離心 30s,緩慢倒掉上清。加入1ml的buffer MGS, Vortex充分震蕩,10000xg 離心30s,緩慢倒掉上清。將離心管倒扣在吸水上2min;或者簡短離心,仔細(xì)吸除殘留的上清。
目的: 洗滌去除DNA凝聚物中的蛋白。加入1ml buffer MGL和10ul Proteinase K,Vortex震蕩懸浮沉淀。6 65℃水浴30min(或者更長時(shí)間,可過夜),間斷搖晃混合。目的:降解蛋白,釋放DNA 10000xg 離心 30s,將上清緩慢倒入一個(gè)干凈的2ml的離心管,加入800ul 80%異丙醇;緩慢翻轉(zhuǎn)離心管20次(出現(xiàn)絲狀或簇裝DNA凝聚物),再劇烈搖晃20次使DNA凝聚物變得更緊密。10000xg 30s,緩慢倒掉上清。
注意: 在出現(xiàn)絲狀或簇狀DNA凝聚物后,需劇烈搖晃去除可能包裹在DNA凝膠中的溶液,不然最后DNA溶解困難,或DNA中有鹽殘留。
在出現(xiàn)DNA凝聚物之前,DNA為溶解狀態(tài),需要緩慢翻轉(zhuǎn)離心管。目的:異丙醇能夠沉淀DNA 加入1000ul 70% 乙醇,劇烈搖晃20次;10000xg 離心 30s,緩慢倒掉上清。
目的:洗滌去除鹽成分。將離心管倒置在干凈的吸水紙上至少5min,或者簡短離心,仔細(xì)吸除殘留的乙醇(勿吸除沉淀)。室溫放置10min或者37℃ 放置5min揮發(fā)乙醇,干燥至DNA沉淀為半濕潤狀態(tài),無酒精味,效果最佳。目的:干燥揮發(fā)乙醇。加入至少200ulTE,提速Vortex 震蕩5s或者劇烈搖晃10次,65℃水浴10-60min 溶解DNA,水浴5min后輕彈離心管底部打散DNA凝聚物(一般繼續(xù)水浴10min 后即可完全溶解);或者65℃水浴過夜。
注意:水浴后,DNA為溶解狀態(tài),應(yīng)避免劇烈操作。目的:溶解DNA。